有机肥，主要来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。经生物物质，动植物废弃物，植物残体加工而来，消除了其中的有毒有害物质，干鸡粪富含大量有益物质，有机肥的益处及方法包括：多种有机酸，肽类以及包括氮，磷，钾在内的丰富的营养元素。不仅能为农作物提供全面营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分。有机肥料新行业标准现实施标准为NY525-2012，干鸡粪代替原有的NY525-2011，于2012年3月1日发布 2012-6-1日实施，中华人民共和国农业部发布。有机质分子质量（以烘干基计）45总养分（氮+五氧化二磷+氧化钾）的质量分数（以烘干基计）≥5.0水分（鲜样）的质量分数≤30酸碱度（PH）5.5-8.5在罗马时代，农民就发现在种植过豆科植物的大田里种植谷类作物时，其产量有所提高，因此，就注意到细菌能增富农业土壤中的营养。直至19世纪，德国的苜蓿种植者和美国的一些大豆种植者，他们利用苜蓿田或大豆田的土壤，转移接种至新的农田，干鸡粪从而使作物产量得到提高。1838年，法国农业化学家布森高（J.B.Boussingault）发现了豆科植物能固定氮。并于1843年建立了第一个农业试验站，有机肥的益处及方法对各种轮作制中作物产量和成分进行了较为精确的分析。
年德国科学家赫尔里格尔（H.Hellriegal）在砂培条件下证明，豆科植物只有形成根瘤菌才能固定大气中的氮。1888年荷兰学者贝叶林克（M.W.Beijerinck）分离了根瘤菌，这是微生物肥料方面的突破。现已明确那是根瘤菌的作用。这些细菌的发现，促使了第一家美国公司纳特尔公司于1898年生产和销售了土壤细菌接种剂。自此以后，就有诸多的细菌制剂用于土壤和农作物种子的拌种和包衣。
20世纪20年代，又有一些新的微生物制剂用于大田土壤和农作物，但效果不甚理想。20世纪40年代，美国农业部颁发了生物杀虫剂许可证，干鸡粪厂家_发酵羊粪报价单_干牛粪价格_蚯蚓粪公司_园林绿化肥_水产肥鱼肥-石家庄王阳生物科技有限公司已有20多种不同的微生物产品为这一目的而使用。
1937年，苏联微生物学家克拉西尼科夫和密苏斯金研制了“固氮菌剂”。从而开创了细菌肥料的先河，由于种种原因，这种微生物肥料都先后停止了大规模生产。1940年前后，亚洲研制了一种以蓝细菌（藻类）为主而用于稻田的生物肥料。其在持续农业中仍然发挥着巨大的作用。
不管生物肥料的历史如何，微生物制剂仍继续向前发展。自20世纪80年代开始，人们以极大的精力关注着用于环境和农作物的生物肥料，其原因是这类产品能有效地解决存在的一些问题，特别是无公害和消除环境的污染。因此，要研制出一种既具有肥料功能，又具有消除环境污染的能力，就十分困难。其难点在于：（1）一种微生物具有提供植物营养功能（如固氮基因等），但不一定能具有分解污染的能力（即分解物质的基因）。要实行基因转移十分困难，还要巨大的投资。（2）土壤污染物种类很多，现已有105种以上的物质对环境造成了污染。这些污染物结构和化学成分各不相同，所以不可能用105种微生物混合一起来做成制剂。基因转移更难以达到；（3）生物杀虫剂和生物除莠剂等的原理和菌种差异十分巨大，原则上为一菌一种用途。所以只能制成单一的菌剂。而且发挥作用的时间较长。（4）生物肥料中的菌剂有些不是典型的土壤微生物，当其制成菌剂施入土壤后难以成活，而且在使用前通常也只能保持3个月的货架期。俗称农家肥，包括以各种动物，植物残体或代谢物组成，如人畜粪便，秸秆，动物残体，屠宰场废弃物等。
另外还包括饼肥（菜籽饼，棉籽饼，豆饼，芝麻饼，蓖麻饼，茶籽饼等）；堆肥；沤肥；厩肥；沼肥；绿肥等。
主要是以供应有机物质为手段，借此来改善土壤理化性能，促进植物生长及土壤生态系统的循环。
部分“广义上的有机肥”品种：堆肥：各类桔秆，落叶，青草，动植物残体，人畜粪便为原料，按比例相互混合或与少量泥土混合进行好氧发酵腐熟而成的一种肥料。
沤肥：沤肥所用原料与堆肥基本相同，只是在淹水条件下进行发酵而成。
厩肥：指猪，牛，马，羊，鸡，鸭等畜禽的粪尿与秸秆垫料堆沤制成的肥料。
沼气肥：在密封的沼气池中，有机物腐解产生沼气后的副产物，包括沼气液和残渣。
绿肥：利用栽培或野生的绿色植物体作肥料。如豆科的绿豆，蚕豆，草木樨，田菁，苜蓿，苕子等。非豆科绿肥有黑麦草，肥田萝卜，小葵子，满江红，水葫芦，水花生等。
作物秸秆：农作物秸秆是重要的肥料品种之一，作物秸秆含有作物所必需的营养元素有N，P，K， Ca，s等。
在适宜条件下通过土壤微生物的作用，这些元素经过矿化再回到土壤中，为作物吸收利用。
纯天然矿物质肥，包括钾矿粉，磷矿粉，氯化钙，天然硫酸钾镁肥等没有经过化学加工的天然物质。此类产品要通过有机认证，并严格按照有机标准生产才可用于有机农业。
饼肥：菜籽饼，棉籽饼，豆饼，芝麻饼，蓖麻饼，茶籽饼等。
泥肥：未经污染的河泥，塘泥，沟泥，港泥，湖泥等。
处理方法：有机肥料无害化处理的堆，沤方法也很多，如EM堆腐法，自制发酵催熟堆腐法和工厂化无害化处理等。
EM堆腐法EM是一种好氧和厌氧有效微生物群，主要由光合细菌，放线菌，酵母菌和乳酸菌等组成，在农业和环保上有广泛的用途。它具有除臭，杀虫，杀菌，净化环境和促进植物生长等多种功能。用它处理人，畜粪便作堆肥，可以起到无害化作用。其具体方法如下：（1）购买EM原液。然后，按清水100毫升和蜜糖或红糖20--40克，M酪100毫升，烧酒（含酒精30%～35%）100毫升和EM原液50毫升的配方，配制成备用液。
（2）将人，畜粪便风干至含水量为30%~40%。
（3）取稻草，玉米秆和青草等，切成长1，5厘米的碎料。加少量米糠拌和均匀，作堆肥时的膨松物。
（4）将稻草等膨松物与粪便按重量10：100混合搅拌均匀，并在水泥地上铺成长约6米，宽约1，5米，厚20~30厘米的肥堆。
（5）在肥堆上薄薄地撒上一层米糠或麦麸等物，然后再洒上EM备用液，每1000千克肥料洒1000~1500毫升。
（6）按同样的方法，在上面再铺第二层。每一堆肥料铺3-5层后，上面盖好塑料薄膜发酵。当肥料堆内温度升到45℃～50℃时翻动一次。一般要翻动3～4次才能完成。完成后，一般肥料中长有许多白色的霉毛，并有一种特别的香味，这时就可以施用。一般夏天要7～15天才能处理好，春天要15~25天，冬天则更长。肥料中水分过多会使堆肥失败，产生恶臭味。各地要根据具体条件，反复试验，摸索才行。
发酵催熟堆腐法如果当地买不到EM原液，也可以自制发酵催熟粉来代替，采用自制发酵催熟堆腐法进行处理。其方法如下：（1）发酵催熟粉的制备。准备好所需原料：米糠（稻米糠，小米糠等各种米糠），油饼（菜籽饼，花生饼，蓖麻饼等），豆粕（加工豆腐等豆制品后的残渣，无论何种豆类均可），糖类（各种糖类和含糖物质均可），泥类或黑炭粉或沸石粉和酵母粉。按米糠14.5%，油饼14.0%，豆粕13.0%，糖类8.0%，水50.0%和酵母粉0.5%的比例配方，先将糖类加于水中，搅拌溶解后，加入米糠，油饼和豆粕，经充分搅拌混合后堆放，在60摄氏度以上的温度下发酵30~50天。然后用黑炭粉或沸石粉按1：1重量的比例，进行掺和稀释，仔细搅拌均匀即成。 [1]（2）堆肥制作。先将粪便风干至含水分30%～40%。将粪便与切碎稻草等膨松物按重量100：10的比例混合，每100千克混合肥中加入1千克催熟粉，充分拌和均匀，然后在堆肥舍中堆积成高1.5～2.0米的肥堆，进行发酵腐熟。在发酵期间，根据堆肥的温度变化，可以判定堆肥的发酵腐熟程度。当气温15度时，堆积后第三天，堆肥表面以下30厘米处的温度可达70摄氏度，堆积10天后可进行第一次翻混。翻混时，堆肥表面以下30厘米处的温度可达80摄氏度，几乎无臭。第一次翻混后10天，进行第二次翻混。翻混时，堆肥表面以下30厘米处的温度为60摄氏度。再过10天后，第三次翻混时，堆肥表面以下30厘米处的温度为40摄氏度，翻混后的温度为30摄氏度，水分含量达30%左右。之后不再翻混，等待后熟。后熟一般需3～5天，最多10天即可。后熟完成，堆肥即制成。这种高温堆腐，可以把粪便中的虫卵和杂草种子等杀死，大肠杆菌也可大为减少，达到有机肥无害化处理的目的。
工厂化无害化处理如果有大型畜牧场和家禽场，因粪便较多，可采用工厂化无害化处理。主要是先把粪便收集集中，然后进行脱水，使水分含量达到20%～30%。然后把脱过水的粪便输送到一个专门蒸汽消毒房内，蒸汽消毒房的温度不能太高，一般为80～100摄氏度。温度太高易使养分分解损失。肥料在消毒房内不断运转，经20～30分钟消毒，杀死全部的虫卵，杂草种子及有害的病菌等。消毒房内装有脱臭塔除臭，臭气通过塔内排出。然后将脱臭和消毒的粪便，配上必要的天然矿物，如磷矿粉，白云石和云母粉等，进行造粒，再烘干，即成有机肥料。其工艺流程如下：粪便集中～脱水～消毒～除臭～配方搅拌～造粒～烘干～过筛～包装～入库。总之，通过有机肥的无害化处理，可以达到降解有机污染物和生物污染的目的。
湿垃圾转化为有机肥针对农村生活垃圾分布广，规模小，成分复杂等特点，中国科学院成都生物研究所李东团队研发了将湿垃圾转化为有机肥用于农业生产的技术。
